Les facultés, instituts et écolesL'Université de Franche-Comté compte 6 UFR (ou facultés), deux IUT, deux instituts et deux écoles.Les UFR, instituts et écolesUFR SJEPGUFR Sciences juridiques, économiques, politiques et de gestionUFR SantéSciences de la SantéIUT Nord Franche - ComtéInstitut universitaire de technologie du Nord-Franche-ComtéUFR STAPSIUT Besançon-VesoulInstitut universitaire de technologie de Besançon - VesoulISIFCInstitut supérieur d'ingénieurs de Franche-Comté. Génie biomédical.IPAGInstitut de préparation à l’administration généraleCLACentre de linguistique appliquéeSUP-FCSUP-FC : Service Universitaire de Pédagogie pour les Formations et la CertificationIAEInstitut d'administration des entreprisesUFR SLHSUFR Sciences du langage, de l'homme et de la sociétéINSPEInstitut national supérieur du professorat et de l’éducationUFR STGIL’Unité de Formation et de Recherche en Sciences, Techniques et Gestion de l’Industrie est atypique.UFR STUFR Sciences et techniquesLes écoles rattachéesL'école d'orthophonie et les instituts de formation en soins infirmiers (IFSI) de Besançon, Lons-le Saunier et Belfort sont administrativement et pédagogiquement liées à l'Université de Franche-Comté et plus particulièrement à son UFR Santé.